Werner Gloor belegte ein Fagottstudium am Tiroler Landeskonservatorium in Innsbruck bei Prof. H. Gies, welches er mit dem Konzertdiplom abschloss. Weitere Studien führten ihn zu Ludvik Bozenicar nach Zürich und zu Jos de Lange bei den Internationalen Meisterkursen Vaduz.
Werner Gloor ist Gründungsmitglied des Sinfonieorchesters Liechtenstein und hielt bis 2016 die Position als Solofagottist dort inne. Seither spielt er am zweiten Fagott. Von 1985 an war er Solo-Fagottist im Orchester Concentus rivensis in Walenstadt. Zugleich ist Werner Gloor Mitglied und Gründer der Liechtensteiner Hofmusik. Eine rege Konzerttätigkeit als Solist, Orchester- und Kammermusiker führte ihn nach Europa, Japan und Kanada.
Werner Gloor arbeitet als Fagottlehrer an den Musikschulen im Fürstentum Liechtenstein und im Sarganserland sowie an der Kantonsschule Sargans.