Marcus Huemer absolvierte sein Kontrabassstudium an der Bruckner Universität Linz bei Anton Schachenhofer mit Auszeichnung. Orchestererfahrungen sammelte er als Mitglied im Symphonieorchester Vorarlberg, etliche Jahre in der Wiener Kammerphilharmonie und als Solobassist des Musiktheaters Vorarlberg. Als Substitut war Marcus Huemer im Tiroler Symphonieorchester Innsbruck, in der Volksoper Wien, im Bruckner Orchester Linz und bei der Südwestdeutschen Philharmonie Konstanz tätig. Derzeit ist er Kontrabassist im Sinfonieorchester Liechtenstein.
Des Weiteren spielt er in auf zeitgenössische Musik spezialisierten Formationen wie „SoLow Stump/Linshalm/Huemer“, ensemble plus, Improvisationstrio Puntigam/Oberleitner/Huemer, Freejazz-Brachialquartett Braaz sowie dem volksmusikalischen Streichquartett Alemannic Fiddlers.
Als Solist und auch als Komponist verwirklichte sich Marcus Huemer in interdisziplinären Projekten von grossen Bühnen bis zur Baumhütte an der Donau, bei etlichen Aufnahmen von Tonträgern, Radio- und TV-Ausstrahlungen unterschiedlichster Genres und als Kontrabass-Statist im oscarprämierten Film „Die Fälscher“. Konzertreisen führten ihn durch ganz Europa und auf diverse Kontinente – von Helsinki bis Istanbul und von Shanghai bis New York.
Zusätzlich arbeitet Marcus Huemer als Kontrabasspädagoge an den Musikschulen tonart in Hohenems und in Lustenau, als Chorleiter der Singgemeinschaft Bings-Stallehr-Radin und als Dozent am Vorarlberger Landeskonservatorium.
Die oberösterreichischen Nachrichten berichteten über Marcus Huemer folgendes: „Kongenial, wie Marcus Huemer mit seinem Instrument eine Vielzahl von Gefühlen vermittelt.“